В основу сценария, написанного Оливером Стоуном, легла реальная история, которая произошла с молодым американцем по имени Уильям Хэйс в 1970 году.
Главный герой фильма попытался вывезти из Турции 2 килограмма гашиша, приклеив пакетики с наркотиком к телу лейкопластырем, но в связи с опасностью теракта полиция в аэропорту проводила тотальный досмотр и обыск пассажиров, он не успел избавиться от груза и попался буквально у трапа самолёта. Хэйс сотрудничал со следствием и показал им торговца наркотиком, но после пытался бежать и был задержан «работником консульства». Приехавший отец нашёл ему хорошего адвоката, стамбульский суд приговорил его к 4 годам и 2 месяцам тюрьмы за хранение наркотиков.
Хэйс терпеливо выносил все мытарства заключения и жестокое обращение персонала тюрьмы, где широко практиковались побои и истязания, считая дни до освобождения, но за 53 дня до выхода на свободу Верховный суд в Анкаре, пересмотрев его дело согласно жалобе прокурора, вынудил стамбульский суд увеличить срок его заключения минимум до 30 лет. Хэйс знал о словосочетании «полуночный экспресс», что означало побег. Его товарищ Джимми попробовал бежать через крышу, но был пойман и после перенесённых побоев лишился глаза и яичка. Вместе с товарищами Хэйс расковырял кирпичную стену душевой, чтобы бежать через катакомбы, но местный заправила — одноглазый Рифки — выдал их.
Заключённый Макс заметил, где Рифки сделал тайник, Хэйс вытащил все его деньги и уничтожил их. На очередном обыске у Рифки нашли гашиш, но тот сказал, что будто бы раздобыл его у Макса. После того, как Макса уволокли охранники, Хэйс в ярости вступил в бой с Рифки и забил стукача до полусмерти, а позже убил его, откусив ему язык. После этого он попал в сектор № 13 для умалишённых заключённых. Он превратился в забитое и затравленное животное.
Невеста передала ему деньги, с помощью которых Хэйс попытался подкупить старшего надзирателя Хамиду, чтобы тот перевёл его в лазарет. Вместо этого Хамиду отвёл Хэйса в раздевалку для охранников, где избил Хэйса и, посчитав, что сломил его волю, попытался его изнасиловать. Ярость, подавляемая Хэйсом, прорвалась наружу, он бросился на Хамиду, надзиратель запутался в своих уже спущенных штанах и налетел затылком на крюк от одежды, прибитый к стене. Хэйс переоделся в форму охранника и вышел из тюрьмы. Ему посчастливилось перейти границу с Грецией и добраться до родины, до своих родителей и невесты.